Hz. Ali eşlerinden ve cariyelerinden olma 14 erkek çocuk, 18 kız çocuk sahibiydi. Fakat nesli, Hasan, Hüseyin, Muhammed (İbn-i Hanefiyye), Abbas ve Ömer adındaki oğullarından türemiştir. Oğullarından çoğu Hicretin 60. Yılında Kerbela Savaşı’nda hayatını kaybetmiştir.[14]
Hz. Ali’nin ilk eşi İslam peygamberi Muhammed’in kızı Fatıma’dır. Hz. Ali Fatıma vefat edene kadar başkasıyla evlenmemiştir. Fatıma’dan 5 çocuğu olmuştur; isimleri şunlardır: Hasan, Hüseyin, Zeynep, Ümmü Gülsüm, Rukiyye ve Muhsin. Muhsin, henüz Fatıma’ın karnındayken, vefat etmiştir.
Ali Âmir b. Kilâb Kabilesinden Ümmü’l-Benin bint-i Hizam ile evlenmiştir. Bu hanımından Abbas, Cafer, Abdullah ve Osman adlarında dört çocuğu olmuştur.
Temim Kabilesinden Leyla bint-i Mes’ud ile evlenmiştir. Bu hanımından iki çocuğu olmuştur: Abdullah ve Ebû Bekir.
Has’amî Kabilesinden Esma bint-i Umeys. Bu hanımından, Yahya ve Muhammedul-Asgar (Küçük Muhammed) dünyaya gelmiştir.
İslam peygamberinin damadı Ebû’1-As b. Rebi’nin kızı Ümâme de, Hz. Ali’nin hanımlarından birisidir. Muhammedu’l-Evsat da (Hilal ibn Ali) bu hanımdan olmuştur.
Havlet bint Câ’fer isimli eşinden “İbn-i Hânifîyye” diye de bilinen Muhammed bin el-Hânifîyye isimli oğlu dünyaya gelmiştir.
Urve b. Mes’ud es-Sekafi’nin kızı Ümmü Said. Hz. Ali’nin bu hanımından ÜmmüT-Hüseyin ve Büyük Remle adlı kızları olmuştur.